knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027076.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif PBM0120

4 Motif M01620

5 Motif M01122

6 Motif M00084

7 Motif MA0018.2

8 Motif M00338

9 Motif M00041

10 Motif M01259

11 Motif M01200

12 Motif MA0100.1

13 Motif PBM0203

14 Motif M00428

15 Motif M01096

16 Motif M00986

17 Motif M00491

18 Motif M01639

19 Motif M01241

20 Motif M00108

21 Motif M01629

22 Motif PBM0095

23 Motif PBM0126

24 Motif PBM0104

25 Motif PBM0103

26 Motif PBM0132

27 Motif PBM0135

28 Motif PBM0116

29 Motif M02040

30 Motif M01985

31 Motif M01167

32 Motif M01940

33 Motif M01700

34 Motif M01944

35 Motif M00237

36 Motif M00235

37 Motif MA0006.1

38 Motif M01961

39 Motif M01104

40 Motif M00654

41 Motif M01643

42 Motif M02011

43 Motif M01509

44 Motif M00008

45 Motif M01002

46 Motif M00797

47 Motif M00665

48 Motif PBM0113

49 Motif PBM0107

50 Motif M01182

51 Motif M01219

52 Motif M00752

53 Motif M01636

54 Motif M01220

55 Motif M01617

56 Motif M01966

57 Motif M01924

58 Motif PBM0105

59 Motif PBM0094

60 Motif PBM0130

61 Motif PBM0129

62 Motif PBM0128

63 Motif PBM0119

64 Motif PBM0100

65 Motif PBM0110

66 Motif PBM0121

67 Motif PBM0101

68 Motif PBM0097

69 Motif M02037

70 Motif M01992

71 Motif M01989

72 Motif M01987

73 Motif M01982

74 Motif M01981

75 Motif M01980

76 Motif M01979

77 Motif M01976

78 Motif M00032

79 Motif MA0076.1

80 Motif M01990

81 Motif M01986

82 Motif M00262

83 Motif M01660

84 Motif M01243

85 Motif M00244

86 Motif M00940

87 Motif M00939

88 Motif M01838

89 Motif M01492

90 Motif PBM0083

91 Motif M01118

92 Motif M00263

93 Motif M01951

94 Motif PBM0077

95 Motif M01843

96 Motif M00049

97 Motif M00920

98 Motif PBM0023

99 Motif M01550

100 Motif PBM0082

101 Motif M01925

102 Motif M01613

103 Motif PBM0054

104 Motif M01512

105 Motif M00765

106 Motif M00762

107 Motif M01962

108 Motif M01251

109 Motif M01634

110 Motif M00345

111 Motif M00976

112 Motif M00270

113 Motif M01175

114 Motif M00649

115 Motif MA0003.1

116 Motif M00470

117 Motif M00469

118 Motif M01948

119 Motif M00698

120 Motif M01649

121 Motif M01839

122 Motif M01635

123 Motif M01972

124 Motif M00243

125 Motif M01903

126 Motif M00516

127 Motif M00697

128 Motif M00916

129 Motif M00036

130 Motif M01862

131 Motif M01820

132 Motif M01586

133 Motif M00917

134 Motif M00691

135 Motif M00513

136 Motif M00113

137 Motif M00017

138 Motif M01863

139 Motif M01187

140 Motif M01186

141 Motif M00179

142 Motif M00178

143 Motif M01861

144 Motif M00981

145 Motif M00946

146 Motif M00944

147 Motif M00375

148 Motif M00039

149 Motif M00114

150 Motif M01812

151 Motif M00514

152 Motif M00121

153 Motif PBM0198

154 Motif PBM0181

155 Motif M00369

156 Motif M01584

157 Motif M01577

158 Motif M00236

159 Motif MA0059.1

160 Motif MA0093.1

161 Motif M00799

162 Motif MA0004.1

163 Motif M01699

164 Motif MA0024.1

165 Motif M00739

166 Motif M00738

167 Motif M00737

168 Motif M00736

169 Motif M00431

170 Motif M00427

171 Motif M00426

172 Motif M00050

173 Motif M01068

174 Motif M00376

175 Motif PBM0162

176 Motif PBM0145

177 Motif M00740

178 Motif MA0162.1

179 Motif M00466

180 Motif M00918

181 Motif M00425

182 Motif M00264

183 Motif M00492

184 Motif M00069

185 Motif M01610

186 Motif M01736

187 Motif M00778

188 Motif M00001

189 Motif M02036

190 Motif PBM0013

191 Motif M01558

192 Motif PBM0200

193 Motif M01793

194 Motif M00796

195 Motif M00945

196 Motif M00371

197 Motif M00370

198 Motif M00220

199 Motif M00660

200 Motif M01673

201 Motif M01742

202 Motif M01970

203 Motif M01933

204 Motif M01057

205 Motif M00512

206 Motif M00763

207 Motif MA0115.1

208 Motif M01681

209 Motif M01035

210 Motif M01752

211 Motif M00706

212 Motif MA0079.2

213 Motif M00064

214 Motif PBM0191

215 Motif PBM0176

216 Motif MA0138.2

217 Motif M01256

218 Motif M00325

219 Motif M00256

220 Motif M01028

221 Motif MA0139.1

222 Motif M01650

223 Motif M01911

224 Motif M01607

225 Motif M00973

226 Motif M01958

227 Motif MA0017.1

228 Motif M00158

229 Motif M00245

230 Motif M00246

231 Motif M01816

232 Motif M00014

233 Motif M01642

234 Motif M00361

235 Motif M00070

236 Motif M00066

237 Motif M00065

238 Motif MA0091.1

239 Motif M00171

240 Motif M01744

241 Motif MA0117.1

242 Motif M01513

243 Motif M01840

244 Motif M00281

245 Motif PBM0066

246 Motif M00024

247 Motif M01662

248 Motif M01511

249 Motif M01050

250 Motif MA0088.1

251 Motif PBM0081

252 Motif M00971

253 Motif M00806

254 Motif M00193

255 Motif M00175

256 Motif M01815

257 Motif M00443

258 Motif M01198

259 Motif M01070

260 Motif M01909

261 Motif M01298

262 Motif M00693

263 Motif PBM0156

264 Motif PBM0140

265 Motif M00496

266 Motif M01054

267 Motif M01587

268 Motif M00731

269 Motif PBM0079

270 Motif M00279

271 Motif M01111

272 Motif M01108

273 Motif M00210

274 Motif MA0069.1

275 Motif M01946

276 Motif M00280

277 Motif M01927

278 Motif M00993

279 Motif PBM0005

280 Motif M01646

281 Motif M01768

282 Motif M00930

283 Motif M00795

284 Motif MA0007.1

285 Motif M00150